Док се смрзне - сушење воћа и поврћа има много користи у погледу одржавања текстуре, укуса и исхране, постоје и неки велики недостаци. Почетни трошак и сложеност потребне опреме једна је од главних препрека. Машине за сушење замрзавање захтева значајну почетну инвестицију због високих трошкова набавке и одржавања. Поред тога, енергетски захтеви ове опреме могу повећати трошкове производње и негативно утицати на укупну профитабилност операција сушења замрзавања.
Осјетљива природа процеса сушења замрзавања представља још једну потешкоћу. Воће и поврће су пажљиво смрзнути, а садржај воде је накнадно сублимиран под ниским притиском. Да би гарантовао калибар готовог производа, овај тачан процес захтева пажљиву регулисање притиска и температуре. Свако одлазак из идеалних околности може довести до губитка прехрамбеног садржаја, укуса или текстуре. Поред тога, може потрајати неколико сати да заврши поступак, који би могао да ограничи капацитет производних погона.
Друго главно питање воћа и поврћа сушења замрзавање је задржавање структурног интегритета. Када се вода уклони из одређених производа, они могу постати рањивији на оштећења или структурног колапса. Да би се осигурало да производи могу преживети замрзавање - поступак сушења без губитка жељених атрибута, неопходна је ригорозна селекција и пре-. На пример, у циљу одржавања њихове боје и текстуре приликом сушења, потребно је да се морају бљеснути неко воће и поврће или да се дају антиоксидативно лечење.
Ако поступак сушења замрзавање не спроводи у стерилној атмосфери, постоји и ризик од микробиолошке контаминације. Чак и ако се ризик од раста микроба у великој мјери уклања уклањањем воде, загађивачи који су били присутни на почетку поступка могу и даље бити опасно. Стога, стварање сигурног и супериорног смрзавања - сушени производи захтевају одржавање чисте и контролисане атмосфере.
